Autoklaven dienen vor allem zur Dampfdruck-Sterilisierung von Nährmedien, medizinischen Instrumenten, Operationswäsche, Tupfer und Ähnlichem. Das Autoklavieren als Sterilisationsmethode wird unter feuchter Hitze durchgeführt. Die Feuchtigkeit lässt vor allem die Sporen der Bakterien quellen, dadurch sind sie weniger resistent als bei trockener Hitze. Die Prozedur gliedert sich in vier Abschnitte. Der erste Abschnitt ist die Steigzeit, in dieser Zeit wird der Innenraum des Autoklavs entlüftet, also die Luft entfernt und durch Sattdampf ersetzt. Die Luftentfernung geschieht im Allgemeinen durch das Gravitationsverfahren, das heißt heißer Dampf steigt auf und verdrängt die kalte Luft. Überprüft wird dieser Vorgang durch ein Thermometer im Innenraum der Autoklaven. Nachdem an der kältesten Stelle im Nutzraum 100 °C überschritten sind, ist die Entlüftung abgeschlossen, ein Ventil verschließt den Nutzraum druckdicht. So kann die voreingestellte Abtötungstemperatur (häufig 121 °C) erreicht werden. Danach beginnt die Ausgleichszeit, nach dieser Zeit erreicht auch das zu sterilisierende Gut an jedem Punkt die nötige Temperatur, dann beginnt die eigentliche Sterilisationsphase (Sterilisationszeit). Welche Dauer gewählt wird, hängt von der Sterilisationstemperatur, dem Typ des Autoklavs und den zu zerstörenden Mikroorganismen ab. Für eine erfolgreiche Sterilisation muss die gesamte Raumluft (Atmosphäre) durch Dampf ersetzt werden.