La chromatographie d’interaction hydrophobe (CIH) est une méthode de séparation bioanalytique des protéines qui leur permet de conserver leur forme native – et donc leur activité biologique. La séparation repose sur les interactions entre les régions de surface non polaires d’une protéine et une phase stationnaire hydrophobe. Comme pour la précipitation saline, ces interactions ne se produisent que lorsque la concentration en sel de la solution augmente. Une augmentation de la concentration en sel entraîne une augmentation de la tension superficielle, ce qui conduit à une élimination partielle de l’enveloppe d’hydrate et donc à une mise à nu des régions hydrophobes de la protéine. Ces zones de surface hydrophobes d’une molécule d’analyte interagissent à leur tour avec les résidus hydrophobes de la phase stationnaire. Il convient de noter que plus l’hydrophobicité d’une protéine est élevée, plus la concentration en sel nécessaire à la liaison avec la phase stationnaire est faible. Pour l’élution des protéines, la chromatographie est donc réalisée avec un gradient de concentration décroissant. C’est probablement la différence la plus importante avec la chromatographie en phase inverse.